建设工程合同备案，是指为了维护和规范建筑市场正常的运作秩序，为了保证工程发、承包方当事人的合法权益，建设行政主管部门自行或委托其他部门，查明工程中标信息，承包、发包双方的主体资格、经营范围、监理信息、法定代表人信息、资质和资格证书、工程分包信息以及企业的经营信誉，对所签订的合同条款进行把关，时期具备可行性、合法性以及文字的准确性，并对建设工程合同进行存档备查的管理制度。法律依据：最高院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释第二十一条规定：当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案中标合同作为结算工程款的根据。一，以备案为准的情况主要针对实质性内容不一致部分依据招投标法规定，招标人与中标人不按照招标文件和中标人的中标文件订立合同的，或招标人、中标人背离合同的实质性内容的协议的，责令改正，可以处中标项目金额千分之五以上千分之十一下罚款。在建设工程招投标中，有的当事人为了获取不正当利益，在签订中标合同前后，往往就同一工程项目再行签订一份甚至多份和中标合同不一致的合同，这就是所谓的阴阳合同或黑白合同。到底按照哪一份合同作为工程结算的依据？依据最高院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释第二十一条规定：当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案中标合同作为结算工程款的根据。上述司法解释，不管中标合同签订在前还是签订在后，或无法确定中标合同的签订时间，均得出相同的结论。但是应当注意的是，以备案的中标合同作为工程款的结算依据主要是针对实质性内容不一致的部分，而不是一般的合同内容变更或其他条款的修改。所谓合同的实质性内容的变更指的是影响或决定当事人基本权利和义务的条款，一般而言，包括合同的价款、合同的期限、工程的质量等内容。虽然以备案的中标合同作为工程价款结算的依据，但是并不意味着合同不能够变更，如果因设计变更导致工程量的增减、工程价款的调整、工期变化等，并不是对中标合同实质性内容的背离和改变。二，以备案为准的情况主要适用于工程价款结算问题司法实践中，承包人往往是按照对自已有力的一份合同起诉发包人拖欠工程款，不一定诉请合同无效，双方可能对合同效力并不持异议。按照不告不理的原则，法院不必主动认定多份合同的具体效力问题，可以只确定以那一份合同作为双方结算工程款的依据。由此可见，上述司法解释的规定，其积极意义在于，并不涉及那一份合同的效力问题，而是明确了依据备案合同结算工程款问题。三，应当把握黑白合同与合同正常变更的界限从合同法理论来讲，合同的变更是法律赋予合同当事人的一项基本权利。合同变更权利的行使存在于合同履行的整个过程中，中标合同的履行也不例外，由此，如何区分黑白合同与合同的正常变更，在建设工程中尤为重要。一般认为，对合同的价款、工期、质量的稍作调整不宜一概的认为系黑白合同，还要根据实际的情况来进行判断，如是否达到了双方当事人的利益失衡。在确定两者之间的界限时，还存在一个幅度的问题，这就需要法官的自由裁量权。总之，在这个问题上，既要使当事人的合同变更权利不收到限制或剥夺，又要防止当事人通过签订黑白合同，作为不正当竞争的手段，达到损害国家、社会利益和他人利益的目的。个人认为，在不损害国家利益、社会公共利益和他人利益的情况下，如果当事人的意思表示真实，并且体现当事人真实意思的合同不存在合同效力的法律否定时，应当容许以实际履行的合同作为当事人双方权利义务的依据。并且，作为建筑企业必须清楚，所谓的白合同的备案合同必须是真正的中标合同，也就是通过真实的招投标活动由当事人依据招投标文件所签订的合同，实践中，当事人处于办理施工许可证等的目的而签订的用于备案的合同，甚至明确约定不作实际履行的合同，不属于该司法解释规定的备案合同。四，将对自已有利的工程合同以及补充合同及时备案当前建筑市场先开工后签订合同的现象比较普遍，甚至出现三边工程，即边勘测，边设计，边施工。建设工程合同签订后不主动的报送备案的比例还是很大的，有的项目没有立项批文，有的没有没有招投标手续，等等，这对于建筑企业而言，风险非常大。因此，应当将对自已有利的工程合同以及补充合同及时备案，以维护自已的合法权益。