“新三板”是社会上对全国股份转让系统的俗称。其实”新三板“这个名字早在2006年1月就已存在。”新三板“是相对”老三板“而言，所谓”老三板“是指2001年7月为解决原STAQ系统、NET系统（以下简称“两网系统”）挂牌公司股份转让遗留问题，而中国证监会授权中国证券业协会设立的证券公司代办股份转让系统，该系统后来还承接了沪深交易所退市公司的股份转让职责。该系统根据挂牌公司的财务状况、信息披露合规性的不同，为这些股票提供一周一次、三次、五次的集合竞价转让服务。2006年1月，为落实国家自主创新战略、推动科技型企业借力资本市场发展，国务院决定在原有证券公司代办股份转让系统内增设中关村科技园区股份报价转让试点，允许中关村科技园区内注册企业在符合条件的情况下，进入证券公司代办股份转让系统实行协议式报价转让。因为这两个市场层次的服务对象、交易方式、信息披露、融资制度、投资者适当性存在根本性不同，为了将二者区分，包括媒体在内的社会各界将原来的以两网公司和退市公司为主体的市场层次称为“老三板”，而将2006年开始的以中关村园区企业为主体的市场层次称为“新三板”。

2012年7月，国务院批准《关于扩大中关村试点逐步建立全国中小企业股份转让系统的请示》，同意筹建全国股份转让系统，并将试点范围扩大到上海张江、天津滨海和武汉东湖高新区。2013年1月16日，全国股份转让系统正式揭牌运营，对原证券公司代办股份转让系统挂牌企业全部承接，市场运作平台的运营管理工作由中国证券业协会转为全国股份转让系统有限责任公司负责。因此，全国股份转让系统是对“老三板”和试点期间“新三板”的法定延续，“新三板”作为社会各界对证券公司代办股份转让系统的习惯性俗称，伴随全国股份转让系统的正式运营，已用以专指全国股份转让系统。

但从挂牌公司性质、交易等关键制度、市场功能等维度看，全国股份转让系统相对试点期间的“新三板”，已发生“脱胎换骨”的变化。譬如，全国股份转让系统作为经国务院批准，依据证券法设立的全国性证券交易场所，全国范围内符合挂牌条件的公司均申请挂牌，之前小范围、区域性的试点已经面向全国正式运行；市场运行平台转为国务院批准设立的全国股份转让系统公司，交易系统由依靠深交所开发运营转化为全国股份转让系统独立开发运营；挂牌公司准入和持续监管由中国证券业协会的自律监管，转为纳入证监会非上市公众公司统一监管；市场运行制度由中国证券业协会发布的试点办法转为全国股份转让系统业务规则。自此挂牌公司作为公众公司，可以采用协议，做市、竞价等多种方式公开转让股份，面向合格投资者发行普通股票、优先股等融资工具，等等。这与试点期间的“新三板”仅向北京中关村、上海张江、武汉东湖、天津滨海等少数高新区，挂牌公司股份仅能以协议方式非公开转让，股东人数不能超过200人等制度安排，具有根本区别。全国股份转让系统已实现从小范围、非公开性质的证券证券公司代办市场，到全国性公开证券交易场所的涅槃。进入全国股份转让系统时代的“新三板”，内涵已发生质的改变。