在建设工程纠纷案件中，被法院认定无效的案件占较大比例，导致建设工程合同无效的原因主要包括四类:

1.违反招投标程序导致无效

《招标投标法》对建设工程提出了特别的要求,因违反招投标程序被认定为无效合同的占比较大，具体包括必须招标而未招标、施工后补办招投标手续、低于成本价中标等情形，除此之外还包括黑白合同，“黑白合同”表现为备案的中标合同、存档的合同、实际履行的合同、中标通知书等相互之间不一致。

2.违反资质要求导致无效

包括没有资质、超越资质和借用资质等情况,因违反资质要求被认定为无效合同的案件也占较大比例

3.违反许可证要求导致无效

包括欠缺建设工程规划许可证、建设用地规划许可证等情况,因违反规划许可证要求被认定无效。当事人主张欠缺施工许可证导致合同无效的案件，法院均认定不影响合同的效力。

4. 转包、违法分包情形导致无效

因转包、违法分包被认定为无效的案件约占比较大。