《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条规定，劳动者严重违反用人单位规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。然而，在用人单位依据公司规章制度行使自主管理权时，因不当适用有关处罚条款而引发的劳动争议时有发生。

司法实践中，对于如何认定劳动者严重违反用人单位规章制度，人民法院一般从以下几个方面进行裁量：

第一，规章制度的制定程序是否合法?《中华人民共和国劳动合同法》第四条第二款规定，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。同时，该条第三款明确，用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。

第二，劳动者的违纪行为在规章制度中是否有明确规定，规章制度对劳动者严重违纪行为的规定是否公平合理?根据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释》第十三条的规定，因用人单位作出的开除、除名、辞退、解除劳动合同、减少劳动报酬、计算劳动者工作年限等决定而发生的劳动争议，用人单位负举证责任。同时，严重违纪也应当符合一般人的认识，用人单位不能滥用该规定。

第三，用人单位单方解除劳动合同的程序是否符合法律规定?《中华人民共和国劳动合同法》第四十三条规定，用人单位单方解除劳动合同，应当事先将理由通知工会。用人单位未建立工会的，应通知用人单位所在地工会，在征求意见后再作出决定。用人单位应当完善人事管理制度，使管理科学、合理、合法，避免给单位造成损失。