股权转让是股东与受让人意思一致达成股权转移的行为，所以股权转让作为一种契约行为，表现其法律效力的形式为合同，股权转让协议就是一种合同。股权转让不仅要求其转让协议符合实质条件，还应完成股权转让的法定程序。

当转让双方因为《股权转让协议》发生纠纷诉至法庭的时候，法院首先应当审查股权转移协议是否生效。

首先，从主体真实而言，要审查当事人是否具有股权转移的主体资格。这要从实质要件和形式要件两方面来看，实质要件是该股东是否有出资，形式要件是该股东有无记载在公司章程、股东名册上或在工商登记管理部门进行股东身份的登记。其次，从意思真实一致而言，买卖双方不得以欺诈、胁迫、重大误解、恶意串通等手段订立合同，根据《公司法》第20条第1款的规定，公司股东在行使权利时，要遵循法律法规及公司法的规定，不得滥用股东权利损害其他公司及其他股东的利益，也不得滥用公司法人独立地位和股东有限责任损害公司债权人的利益。

即使根据《合同法》的规定股权转让协议生效，受让人也支付了股权转让款，但是关于股权转让协议的效力问题，还需要注重以下几个因素。第一，该公司其他股东没有对该股份主张优先购买权，在这个问题上，由于股东与非股东第三人达成的股份转让协议具有独立性，即使其他股东对该股份主张优先购买权，不影响转让协议的生效，但会影响该协议的履行，此时非股东第三人可向合同另一方当事人主张违约责任；第二，签订金融企业国有资产合同的，需要有批准权的政府部门及金融行业监督管理部门批准。

在满足以上因素后，受让人就拥有成为公司股东的实质要件，此时公司有义务协助办理工商变更登记。公司为股东办理工商登记是公司的义务，公司不得拒绝办理。根据我国公司法司法解释第23条规定：“当事人依法履行出资义务或者依法继受取得股权后，公司为依据公司法第三十一条、第三十二条的规定签发出资证明书、记载于股东名册并办理公司登记机关登记，当事人请求公司履行上述义务的，人民法院应予支持。”

在当事人被拒绝办理变更登记后，当事人应以公司为被告请求法院要求公司履行法定义务。要注意的是，依据商法外观主义原则，公司股东姓名、名称及出资额未经公司登记管理部门登记或变更登记的，不得对抗善意第三人，如果公司仍旧拒绝办理工商变更登记，受让人的权利就会处于悬而未决的状态，受让方可以解除与转让人签订的股权转让协议，要求其退还股权转让款，承担违约责任及赔偿损失。