江苏某集团有限公司与陕西某投资有限公司建设工程施工合同纠纷，双方最终签署了《总承包工程关于结算的协议》，根据合同解释顺序及法律效力顺序规定，该补充协议是对原合同的变更和补充，其效力优于原合同，所以应依据补充协议约定向申请人支付工程结算价至95%。

本案工程实际是根据发包人要求，在部分项目不具备施工条件情况下甩项竣工的工程，双方同意甩项并不计入工程总结算价，双方工地代表签署了《未施工项确认单》，根据合同通用条款36.7：“因特殊原因，发包人要求部分工程部位甩项竣工的，双方另行签订甩项竣工协议，明确双方责任和工程价款的支付方法。” 所以，本案中被申请人提出“工程未完”“工程未竣工验收”及“不具备结算付款条件”等抗辩理由不能成立!