相比较于自然人直接持股，持股平台在资本运作方面有一定的优势，持股平台公司仅仅作为投资扩张、资本运作的平台，在实现横向、纵向扩张时，对现有实体运营公司 架构不会造成冲击，同时，可以积极申请特殊性的税务处理，降低交易的税负，降低交易双方的交易成本，有利于资本运作的顺利推进。因此，企业在实施员工持股计划时通常会通过搭建持股平台的方式进行，然而对于不同持股形式的税负存在较大差异。现我们通过对不同持股形式税负的比较，对新三板员工持股平台税负予以简要的分析。 一、员工直接持股1、所得税1）限售股转让所得税根据财政部、国家税务总局《关于个人转让上市公司限售股所得征收个人所得税有问题的通知》（财税【2009】167号）的规定，限售股转让的个人所得税适用20%的比例税率征收。其中，应纳税所得额=限售股转让收入-（股票原值+合理税费）。如果纳税人未能提供完整、真实的限售股原值凭证的，不能准确计算限售股原值的，主管税务机关一律按限售股转让收入的15%核定限售股原值及合理税费。因此，员工直接持股形式下，限售股转让所得税为增值部分的20%，而按核定征收的，则为股权转让所得20%×(1-15%)，即17%。2）股息红利所得税根据《财政部 国家税务总局 证监会关于实施全国中小企业股份转让系统挂牌公司股息红利差别化个人所得税政策有关问题的通知》（财税〔2014〕48号）和财政部 国家税务总局 证监会《关于上市公司股息红利差别化个人所得税政策有关问题的通知》（财税[2015]101号）规定，个人持有全国中小企业股份转让系统（简称全国股份转让系统）挂牌公司的股票，持股期限在1个月以内（含1个月）的，其股息红利所得全额计入应纳税所得额；持股期限在1个月以上至1年（含1年）的，暂减按50%计入应纳税所得额。持股期限超过1年的，股息红利所得暂免征收个人所得税。因此，员工直接持股形式下，如果长期持股超过1年，则可免征股息红利的个人所得税率，持股期限在1个月以上至1年（含1年）的，则为10%，在1个月以内（含1个月）的，则为20%。2、关于营业税 1）限售股转让营业税根据《财政部、国家税务总局关于个人金融商品买卖等营业税若干免税政策的通知》(财税[2009]111号)的规定，对个人(包括个体工商户和其他个人)从事外汇、有价证券、非货物期货和其他金融商品买卖业务取得的收入暂免征收营业税。因此，员工直接持股形式下，转让所持股票无需缴纳营业税。2）股息红利营业税股息红利不属于营业税的征收范围，因此员工直接持股形式下取得股息红利不需要缴纳营业税。 二、通过有限公司持股1、关于所得税1）限售股转让所得税公司转让限售股时，公司按25%的税率缴纳企业所得税，公司向自然人股东分红时，自然人股东按20%的税率缴纳个人所得税。因此，通过有限公司持股形式下，限售股转让所得税为综合税率为25%+（1-25%)×20%=40%。 2）股息红利所得税根据《企业所得税法》第二十六条，符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益为免税收入。根据《个人所得税法》第三条第五款，利息、股息、红利所得税率为20%。因此，通过有限公司持股形式下，股息红利仅需自然人股东缴纳20%的个人所得税。2、关于营业税 1）限售股转让营业税根据《财政部、国家税务总局关于个人金融商品买卖等营业税若干免税政策的通知》(财税[2009]111号)规定，对个人(包括个体工商户和其他个人)从事外汇、有价证券、非货物期货和其他金融商品买卖业务取得的收入暂免征收营业税，而公司不属于免征营业税的范畴。所以，目前公司股票转让收入需要交营业税，税目是金融保险业，税率为5%。但公司同时还要按照营业税额承担城市维护建设税（7%）、教育费附加（3%），以及地方教育费附加、河道管理费等。因此，通过有限公司持股形式下，限售股转让营业税综合税率为5.5%以上。（2）股息红利营业税股息红利不属于营业税的征收范围，因此通过有限公司持股形式下取得股息红利亦不需要缴纳营业税。 三、通过合伙企业持股1、关于所得税1）限售股转让所得税根据《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》（财税[2000]91号）的规定，个人独资企业和合伙企业每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，作为投资者个人的生产经营所得，比照个人所得税法的“个体工商户的生产经营所得”应税项目，适用5％—35％的五级超额累进税率，计算征收个人所得税。因此，通过合伙企业持股形式下转让限售股时，自然人合伙人按5%至35%的累进税率征收个人所得税。一些地方为了鼓励股权投资类合伙企业，在合伙企业转让限售股时，按20%的税率征收个人所得税。2）股息红利所得税根据《关于<国家税务总局关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定>执行口径的通知》（国税函[2001]84号）的规定，合伙企业对外投资分回的利息或者股息、红利，不并入合伙企业的收入，而应单独作为投资者个人取得的利息、股息、红利所得，按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税。因此，通过合伙企业持股形式下，股息红利仅需自然人股东缴纳20%的个人所得税。2、关于营业税（1）限售股转让营业税如前所述，按照《财政部、国家税务总局关于个人金融商品买卖等营业税若干免税政策的通知》(财税[2009]111号)的规定，合伙企业不属于免征营业税的范畴。所以，合伙企业转让股票亦需缴纳营业税及附加。因此，通过合伙企业持股形式下，限售股转让营业税综合税率为5.5%以上。部分地方有不同优惠政策，会将部分乃至全部营业税返还。（2）股息红利营业税股息红利不属于营业税的征收范围，因此通过合伙企业持股形式下取得股息红利亦不需要缴纳营业税。综上，不同持股形式的税负轻重不同，自然人直接持股的税负相对最轻，通过合伙企业持股次之，通过公司持股则税负较重。因此，这也是众多公司在搭建持股平台时选择合伙企业的原因。