根据我国现行知识产权法律制度，侵害商标权、著作权、商业秘密均可能同时承担行政、刑事责任。对于我国知识产权立法之初确立的“行政-司法”双轨制及其利弊得失，本文不展开讨论，但在我国知识产权领域普遍实施惩罚性赔偿制度后，需要考虑几种制度之间的衔接与协调问题，避免一事多罚。

我国《刑事诉讼法》第101条规定“被害人由于被告人的犯罪行为而遭受物质损失的，在刑事诉讼过程中，有权提起附带民事诉讼”，但与一般人身或财产被犯罪行为侵害产生的直接损害后果可在刑事追诉程序中附带提起民事诉讼（简称“刑附民”）的共识不同，知识产权侵权案件是否可以提起“刑附民”并无明确依据，各地法院做法不同。有些地方法院支持“刑附民”并做出了判决，有些地方则原则上不受理此类案件。

知识产权案件“三审合一”的建议虽然很早就已提出，吸收司法改革试点经验的知识产权专门法院或法庭的建设也取得很大进展，但真正意义上的程序合并仍有障碍。刑事、行政和民事案件在法律依据、审级、司法资源分配、立案标准、证据要求、法官思维等方面均不相同，审判理念、规则等实质内容的整合流于形式。例如，在发生侵权责任聚合时，按传统思维一般实行“先行/刑后民”，那么在后提起的民事诉讼中权利人若主张适用惩罚性赔偿，法院还需要结合案情考虑，在前期已经被罚款或被判处罚金的情况下，如果同时判决惩罚性赔偿、可能出现侵权人缺乏足够财力无法执行的情况。另外，若将行政/刑事程序查获的证据作为民事诉讼中惩罚性赔偿的证据，则可能涉及公权力事先介入、代替权利人查证取证，有违民法的公平原则和民事诉讼法的“谁主张、谁举证”原则。因此，今后法院要有效推进“三审合一”，须明确知识产权侵权案件“先民后行/刑”，或在“先行/刑后民”时允许提起“刑附民”，同时不应将行政或刑事程序中行政或公诉机关获得的证据作为民事诉讼中原告自己的举证；另外，应明确民事损失赔偿优先获得偿付原则，在被告先行支付罚款或罚金后无力赔偿的情形下，设立权利人申请退回罚款或罚金作为损害赔偿的规则及程序。

现阶段惩罚性赔偿制度在我国各个知识产权分支领域的适用预期不同。在商标、著作权、商业秘密方面，明显的容易判断的恶性侵权行为，如完全假冒盗版的侵害注册商标专用权和著作权的行为，以及蓄意窃取商业秘密的行为，行政、刑事执法机关介入的可能性大。对于商标和著作权领域比较复杂、侵权与否需要专业性判断的案件，则权利人选择民事诉讼以期不必应对各种程序交叉重叠带来的诉累和不确定性、直接获得惩罚性赔偿的可能性大。在专利领域，立法对专利侵权未规定刑事责任，因此惩罚性赔偿制度适用的余地较大。专利权是民事权利，民事侵权损害赔偿的首要目的是填补权利人的实际损失；不过，对恶意、严重的侵权行为，法律予以惩处和制裁亦符合公平正义。从比较法上看，德国、日本等大陆法系国家基于公私法的划分，坚守损害赔偿的填平原则，同时对严重的恶意侵权、在专利法中规定了刑事责任；不过，实践中这些国家专利法中的恶意严重侵权入刑条款从未出现过案例。显然，美国在专利领域普遍适用惩罚性赔偿的做法对技术创新者的保护更便捷高效、对巩固其在全球科技创新体系中的领先地位更有利。

质言之，尽管我国知识产权保护有民事、行政、刑事三种救济，但后两种针对而言社会公共成本较高，而且对于仅侵犯私人知识产权但没有严重损害社会公众利益的侵权者，刑法应保持适当的谦抑性；在侵害知识产权民事诉讼中增加惩罚性赔偿制度，能激励权利人自己尽量收集证据调查不法侵权案件、进而起诉请求加倍赔偿，其实质上具有某种私人执法功能，且并不影响公权力机关对同时损害公共利益的侵权人处以罚款罚金、也不有损总体上的社会公平正义。惩罚性赔偿制度的这一功能在权利人的实际损害总额并不高时尤具实效，因为这种情形下一般难以启动行政或刑事程序追诉对侵权人予以处罚。因此，在惩罚性损害赔偿制度下，若可以预期获得更多的赔偿，权利人会积极主动起诉并提出请求和证据，有利于打击恶意侵权、净化整个知识产权保护的法治环境。

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