商业秘密作为知识产权保护的客体之一，有助于权利人获得和保持市场的竞争优势，也正因为商业秘密带来的巨大经济效益，这使得近些年侵害企业商业秘密的行为频频出现。商业秘密案件多为刑民交叉案件。“刑民交叉案件”是指案件性质既涉及刑事法律关系，又涉及民事法律关系，相互间存在交叉、牵连、影响的案件。

商业秘密案件理论上存在“刑事保护优先”以及“民事保护优先”两种观点，实践中法院也更多采用“先刑后民”的方式处理，例如，《最高人民法院关于在审理经济纠纷案件中涉及经济犯罪嫌疑若干问题的规定》第十二条规定：“人民法院已立案审理的经济纠纷案件，公安机关或检察机关认为有经济犯罪嫌疑，并说明理由附有相关材料函告受理该案的人民法院的，有关人民法院应当认真审查。经过审查，认为确有经济犯罪嫌疑的，应当将案件移送公安机关或检察机关，并书面通知当事人，退还案件受理费；如认为确属经济纠纷案件的，应当依法继续审理，并将结果函告有关公安机关或检察机关。”

实务中，我国已经形成了民事、行政、刑事三位一体的商业秘密保护体系，遇到商业秘密纠纷时，商业秘密案件的原告往往采取“先刑后民”的程序进行诉讼，即先以涉嫌侵犯商业秘密罪为由向公安机关报案，依靠公安机关的侦查手段进行取证，使案件进入刑事公诉程序，后向法院提起商业秘密侵权民事诉讼，要求被告承担经济赔偿责任。

按照刑事诉讼法的规定，如果涉及商业秘密的案件涉及到刑事，一般管辖权在基层法院，除非标的额特别大、情节特别严重才能由中级法院管辖。但由于刑事案件管辖级别低，且法律本身对知识产权案件包括商业秘密案件没有管辖权，实践中出现了许多问题。

中国政法大学民商经济法学院教授张今表示：“刑事司法对维护市场竞争正常进行、保护商业秘密的合法权益是必要的、有益的”。知识产权案例商标专利著作权的民事案件都是由中级法院来审理，但刑事案件没有这个级别管辖的限定，涉及到刑事案件，基层办案机关可以进行受理。所以，在商业秘密纠纷这个问题上，就形成“先刑后民”的倾向。

但与传统的“经济纠纷涉及经济犯罪”类刑民交叉案件不同，商业秘密刑民交叉案件中，民事侵权构成要件与刑事犯罪构成要件基本相同，只是在行为的情节和后果上有所差异；而在商业秘密民事侵权案件中，法院审理的先决基础是确定权利人主张的商业秘密构成以及权利归属。

从逻辑上讲，商业秘密刑事案件也应当首先明确这一点才能谈到是否构成犯罪。但由于商业秘密本身缺乏清晰的权利外观，权利归属不确定，实践中比较混乱，若办案机关处理不当将出现刑民判决冲突甚至矛盾的局面，实践中也曾出现过刑事判决认定有罪，但后续的民事诉讼中认定涉案信息不构成商业秘密的情况。因此，商业秘密案件机械采取“先刑后民”的方式常被诟病。

在实践中，公安机关立案后，往往是在保密状态下进行侦查的，对于涉案商业秘密的内容和范围，不能告知被告人，因此常会出现受害人将公有领域技术扩充为自己技术秘密的情况，在后续审理中或是造成冤案或是被法院推翻。

“先刑后民”在实践中多表现为以下几种情形：

一是法官在审理民事案件过程中，公安机关或检察机关认为有犯罪嫌疑，从而启动刑事诉讼程序。

二是法官在审理民事案件过程发现涉嫌构成犯罪。

三是被害人在民事诉讼过程中提起自诉或向公安机关报案，从而启动刑事诉讼程序。

对于第一种和第二种情形而言，法官应当停止民事案件的审理，将案件移送公安机关或检察机关。因为这是法律的明确要求，并不需要征求被害人的同意，所以很可能并不是被害人所希望的，可能是违背其意志的。在现代法治理念下，无论是刑事诉讼还是民事诉讼，归根结底是为了保护公民合法权益。在经济纠纷中，当事人究竟选择哪一种诉讼手段来保护自己的权益，这是一种私权，应当赋予其充分的自主选择权。

可以说，“先刑后民”的方式实际剥夺了被害人的程序选择权，更多体现“公权优先”的传统理念，与现代法治理念不符。

因此，理论界早有学者建议知识产权刑民交叉案件应当采取“先民后刑”模式，最高人民法院民三庭宋晓明庭长也曾强调：“不能绝对地说先刑后民，在某些情况下，还存在先民后刑的情况。例如，在审理侵害商业秘密刑事案件时，需先通过对民商事纠纷案件的审理确定权利主体后，才能进行刑事案件的审理，确定犯罪嫌疑人是否构成犯罪”。

商业秘密刑民交叉案件中的乱象并非没有解决之道，除了厘清两案所涉法律事实，对并非基于同一事实的案件依法坚持“刑民并行”之外，对基于同一事实的案件应当坚持“先决原则”，遵循审判逻辑处理，这有赖于法院未来通过新的典型案例来明确“先民后刑”的适用规则。