我国现行外资企业所得税名义税率33%（包括3%地方所得税），但实际负担率全国平均14.89%。两税合一改革将使外资企业所得税基本税率也将由33%降为25%，下降8个百分点。但外资企业由于将取消单独享有的生产性外商投资企业从获利年度起2年免税3年减半征税优惠，在中国境内再投资退还再投资额已缴所得税的40%或100%优惠，以及特区企业和经济技术开发区生产性企业按15%税率征税优惠，税收优惠大幅度减少，使实际负担率有较大幅度提高。

企业所得税改革将会使全国外资企业实际负担率将由14.89%提高到与内资企业相同的20%水平，但需要在5年过渡期后才能达到。

由于改革总体上提高了企业税收负担率，如果外资企业实际负担率从14.89%提升至20%，提高税负幅度达33%。税改使外资企业加重了税收负担率，降低了企业赢利率，减少了企业投资回报率，削弱了企业竞争力。税改革对外资企业投资的负面影响是比较明显的。

两税合一改革对外商投资不但产生总量影响，结构影响同样不能忽视。由于不同类型外资企业对税收政策敏感度不同，使税改对不同类型的外资企业影响存在较大差异。

根据投资动机把外资分成市场导向型投资和出口导向型投资。市场导向型投资是指企业海外投资主要动机是占领海外市场；出口导向型投资的主要动机是获得东道国人力资源和自然资源并出口，或者利用这些资源生产产品返销到母国或出口到第三国。

由于市场导向型投资倾向于长期投资，市场规模和潜力是其关心的主要因素，因而受经营成本和税收因素的影响较小；而出口导向型投资倾向于短期投资，东道国市场规模和潜力往往不是影响其投资决策的主要因素，更多关心经营成本。而且出口导向型企业通常具有很高的流动性，更有可能在可选择的地点之间比较税收的差异，因此，税收就构成了这类企业的成本结构中一个重要部分。

由于我国目前税收优惠政策主要是对以出口导向型为主的流动性大的港台外商投资起到了较强的激励作用，而对来自欧美国家较为长期性的外资激励效果并不明显。表明在未来的外资税收优惠程度降低以后，受到冲击影响较大，或者说对外资流域动性影响较大的是来自港台以加工贸易为主的中小型劳动密集企业。