商标合同纠纷一般指的是三种合同纠纷，包括商标权转让合同纠纷、商标使用许可合同纠纷、商标代理合同纠纷。商标合同纠纷属于平等主体之间的财产关系争议，一般解决方式可以采用协商、第三方调解、仲裁和诉讼的方式来加以解决。其中借助第三方来进行调解，更有利于和解协议的达成。那么仲裁，就需要双方在事先或事后达成仲裁协议，确定明确且唯一的仲裁机构。当然无论通过什么方式解决，哪方占据更有力的证据，哪方就占有优势，因此，搜集证据、组织证据至关重要。