作为获得土地使用权的最主要途径，国有土地使用权出让合同的相关纠纷一直是土地纠纷的重点核心内容。而确认国有土地使用权出让合同的性质，就显得十分重要。因为不同的性质判断，就意味着不同的救济途径。民事合同纠纷通过民事诉讼来解决，行政合同纠纷则要通过行政复议和行政诉讼的方式来解决。这两种纠纷解决方式的不同对利益相关方会造成重大影响。

普通民事合同与行政合同的区别在于，民事合同双方当事人在法律上地位是平等的，是享有平等民事权利义务的民事主体。而在行政合同中，合同当事人则居于行政主体和行政相对人的不平等地位。从我国现行的立法框架来看，国有土地使用权的出让被确认为具体行政行为，合同双方是行政机关和行政相对人的关系。《行政许可法》第十二条规定，下列事项可以设立行政许可：“……（二）有限自然资源开发利用、公共资源配置以及直接关系公共利益的特定行业的市场准入等，需要赋予特定权利的事项；……”从这点出发进行判断，将国有土地使用权出让合同认定为行政合同并无不当。

行政合同与民事合同一个非常重要的区别就在于，民事合同能够在最大程度上体现双方当事人的自主意思表示，充分实现合同自由。而行政合同则要更多地受到公法的管制，合同当事人的意思自治要受到限制。《最高人民法院关于审理涉及国有土地使用权合同纠纷案件适用法律问题的解释》第三条规定：“经市、县人民政府批准同意以协议方式出让的土地使用权，土地使用权出让金低于订立合同时当地政府按照国家规定确定的最低价的，应当认定土地使用权出让合同约定的价格条款无效。”这是法律对国有土地使用权出让合同的特别价格管制。第六条规定：“受让方擅自改变土地使用权出让合同约定的土地用途，出让方请求解除合同的，应予支持。”而且在《土地管理法》中也确认了行政机关出于公共利益的考量可以收回国有土地使用权，解除合同。这也不同于普通的民事合同中关于合同撤销权的规定。

但是仅凭上述特点就认定国有土地使用权出让合同为行政合同尚有不足。确认合同性质，对居于弱势一方的普通民事主体而言，在违约损害赔偿方面有着更为重要的意义。我国现行的行政赔偿和民事赔偿采用的是不同的赔偿原则。《国家赔偿法》第三十六条规定：“侵犯公民法人和其他组织的财产权造成损失的，按照下列规定处理：(一)处罚款、罚金、追缴、没收财产或者违法征收、征用财产的，返还财产;(二)查封、扣押、冻结财产的，解除对财产的查封、扣押、冻结，造成财产损坏或者灭失的，依照本条第三项、第四项的规定赔偿；……(八)对财产权造成其他损害的，按照直接损失给予赔偿。”由此可见，《国家赔偿法》在行政赔偿方面确立的基本原则是只赔偿直接损失，而不赔偿间接损失。而《合同法》关于合同违约赔偿的规定则是：“当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定，给对方造成损失的，损失赔偿额应当相当于因违约所造成的损失，包括合同履行后可以获得的利益，但不得超过违反合同一方订立合同时预见到或者应当预见到的因违反合同可能造成的损失。”民事合同赔偿的基本原则是恢复守约方若合同得以适当履行而可得的利益状态，间接损失也在赔偿的范围之内。土地开发与建设所耗甚居，开发企业往往面临着重大的开发风险。若合同纠纷通过行政诉讼的方式来解决，则企业的预期开发利益很难得到保障，难谓公平。由此观之，将国有土地使用权出让合同认定为受到法律严格管制的民事合同，通过民事诉讼的方式来解决纠纷，在更高水平上维护弱势民事主体的权益，而且更能规范行政机关的依法行政，维护土地开发市场的市场秩序。