在当前发生的农村土地征收拆迁纠纷中，一个很重要的问题就是被征收的集体土地上的房屋及不动产的补偿标准问题。《土地管理法》第四十七条规定：“征收土地的，按照被征收土地的原用途给予补偿。征收耕地的补偿费用包括土地补偿费、安置补助费以及地上附着物和青苗的补偿费。”该条规定只涉及了征收集体耕地的补偿标准。但是农村尚有其他用地类型，其中最主要的就是宅基地和农村建设用地。而附着于其上的农村居民住宅与乡镇企业用房，在土地征收中应当适用何种赔偿标准，在现实中就缺乏明确的适用标准。

迫于司法实践的压力，司法机关在这方面也进行了一些探索。最高人民法院在其颁布的《关于审理涉及农村集体土地行政案件若干问题的规定》中规定：“征收农村集体土地时涉及被征收土地上的房屋及其他不动产的，土地权利人可以请求依照物权法第四十二条第二款的规定给予补偿。”但是《物权法》第四十二条第二款与《土地管理法》关于征收耕地的规定别无二致。其所增加的“安排被征地农民的社会保障费用，保障被征地农民的生活，维护被征地农民的合法权益。”的条款也缺乏可操作性和明确的标准。

在实际操作中，征地拆迁部门往往是根据农村住房的面积确定一定的补偿标准，而并不考虑其他因素。基于我国实行的严格的土地用途管制制度，农村的宅基地在法律上的利用途径受到限制，只能用于修建村民住宅用房。但是在现实生活中，农村居民从多元化经营的角度出发，利用自身住宅用房开展旅游业、餐饮业、加工修配业等经营的情况可谓是比比皆是。如果单纯作为住宅用房进行补偿，补偿标准相对偏低，农村居民的经营收益难以得到保障。这样的差异在现实生活中往往会导致激烈的冲突。

其实在这一点上，我国现行的城乡二元体制也得到了突出反映。《国有土地上房屋征收与补偿条例》第十七条规定：“作出房屋征收决定的市、县级人民政府对被征收人给予的补偿包括：（一）被征收房屋价值的补偿；（二）因征收房屋造成的搬迁、临时安置的补偿；（三）因征收房屋造成的停产停业损失的补偿。”城市的房屋拆迁，政府需要补偿的不仅仅是房屋价值，还要包括因为房屋征收给产权人带来的营业损失。在征收拆迁中，将农村房屋与城市房屋区别对待，确实是违反了平等保护的法律原则。

在农村的土地征收拆迁过程中，应该摒弃单纯地以建筑面积计价，作为住宅用房进行补偿的方法，而应当综合考虑农村住房的用途，根据不同的用途对农村住房进行补偿。补偿标准也应当由省一级政府根据当地的经济发展标准进行确定。即使不能做到农村的房屋与城市的房屋按同一标准进行补偿，至少也当反映由于土地征收与房屋拆迁给农村居民造成的实际经营损失。这样才能在现行的体制框架下最大程度地减少征地拆迁中的矛盾冲突。