公司对员工进行罚款是否合法,需要根据具体情况来判断。根据《中华人民共和国劳动法》第五十条规定:工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。,企业对员工进行罚款是不被允许的,但是在某些情况下,企业可以根据相关法律法规和内部规章制度对员工进行处罚。在你的情况中,公交公司车闯红灯被交管部门处罚过了,公司还要罚款停班,扣除安全奖共计1千多,这可能是公司内部的规章制度所规定的。如果公司的规章制度是合法的,并且你已经签署了相关的协议或者合同,那么公司对你进行处罚是合法的。但是,如果公司的规章制度是不合法的,或者你没有签署相关的协议或者合同,那么公司对你进行处罚是不合法的。如果你认为公司的处罚不合法,你可以向当地的劳动监察部门投诉,或者向当地的劳动仲裁委员会申请仲裁。