初三学生休学手续办理好了，教育局也同意了，现在学校说，学籍进了毕业库了没法办理了，怎么办呢？

具体操作：
1. **与学校沟通**：
- 准备好休学手续和证明材料，如病历、家长申请等。
- 前往学校学籍管理部门，详细说明情况并请求更正学籍状态。
- 记录沟通过程和结果，为后续处理保留证据。
2. **向教育部门反映**：
- 撰写详细的书面申请，附上所有相关证明材料。
- 提交至当地教育部门，并保留好提交凭证。
- 跟进教育部门处理进度，必要时可提出申诉或要求召开听证会。
3. **法律途径**：
- 咨询律师，了解具体法律条款和维权步骤。
- 准备诉讼材料，包括起诉状、证据清单等。
- 根据律师建议，选择合适的诉讼程序，如行政诉讼或民事诉讼。
- 在诉讼过程中，积极配合律师工作，确保自身权益得到最大保护。