中华民国九十四年三月二十一日财政部关税总局台总局保字第09410041101号令订定发布全文5点；并自九十四年三月二十一日起施行
一、本作业规定依据财政部94年3月4日台财关字第09400069920号函及行政院自由贸易港区协调委员会94年2月3日经协字第0940000165号函订定。
二、自由港区事业输往国外之下列货物，涉及国际规范或承诺，应依主管机关之规定办理相关输出文件：
(一)华盛顿公约附录物种应申请华盛顿公约出口许可证(以下简称CITES出口许可证)。主管机关经济部国际贸易局。
(二)战略性高科技货品应申请战略性高科技货品输出许可。主管机关经济部国际贸易局。
(三)钻石原石应申请KimberleyProcess证书及输出许可证。主管机关经济部国际贸易局。
(四)有害事业废弃物应申请输出同意文件。主管机关行政院环境保护署。
(五)视听著作、已录制之雷射影碟、激光视盘及数字激光视盘应申请核验著作权文件。主管机关经济部智能财产局。
(六)国际渔业组织管理之黑鲔、南方黑鲔、剑旗鱼、大目鲔等应申请「渔业证明书」或「再出口渔业证明书」。主管机关行政院农业委员会渔业署。
从事转口业务之自由港区事业，其转口货物未拆及包件者，除战略性高科技货品及有害事业废弃物应依主管机关之相关规定办理外，不受前项规定规范。
三、CITES出口许可证、战略性高科技货品输出许可证、钻石原石输出许可证、有害事业废弃物输出同意文件、著作权文件核验单、鲔类渔业证明书或再出口渔业证明书应于向海关传输出口货物进仓证明书后，传输报单通报出口前，将书面文件送自由港区所在地海关予以书面或实物查核。未经海关查核者，海关不予核销或签署。
四、经海关或自由港区管理机关查获未依本作业规定办理者，通知主管机关，依相关规定办理。
五、主管机关获得违反本作业规定之情资，应通知自由港区所在地海关之联合查核小组。
