员工举报公司违法行为是合法的。根据我国劳动法的有关规定,用人单位成立后,应当依法经营生产,依法履行劳动权利义务,不得违法经营,不得随意侵犯劳动者的合法权益;用人单位有违法行为的,劳动者可以向有关机构举报投诉或者向媒体公布,劳动者向媒体曝光用人单位有违法行为;承担举证责任。劳动者曝光的违法行为经核实属实的,劳动监察部门应当对用人单位的具体违法行为给予相应处罚。法律依据:《中华人民共和国劳动法》第八十九条用人单位制定的劳动规章制度违反法律、法规规定的,由劳动行政部门给予警告,责令改正;对劳动者造成损害的,应当承担赔偿责任。