新三板公司并购的基本流程如下：1、合并各方召开股东会或者股东大会，作出并购决议；2、签订并购协议，并编制资产负债表及财产清单；3、通知并公告债权人；4、并购后新设立的公司办理设立登记。法律依据：《中华人民共和国公司法》第一百七十二条公司合并可以采取吸收合并或者新设合并。一个公司吸收其他公司为吸收合并，被吸收的公司解散。两个以上公司合并设立一个新的公司为新设合并，合并各方解散。第一百七十三条公司合并，应当由合并各方签订合并协议，并编制资产负债表及财产清单。公司应当自作出合并决议之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上公告。债权人自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，可以要求公司清偿债务或者提供相应的担保。
