船舶变更登记流程如下：1、船舶的船籍港、共有情况、抵押合同发生变更时，船舶所有人应当持相关文件到船籍港船舶登记机关办理有关变更登记；2、相关文件包括申请书、船舶国籍证书、变更证明文件等；3、经审查符合规定的，船籍港船舶登记机关予以变更登记。法律依据：《中华人民共和国船舶登记条例》第三十六条第一款船舶变更船籍港时，船舶所有人应当持船舶国籍证书和变更证明文件，到原船籍港船舶登记机关申请办理船籍港变更登记。第三十七条船舶共有情况发生变更时，船舶所有人应当持船舶所有权登记证书和有关船舶共有情况变更的证明文件，到船籍港船舶登记机关办理有关变更登记。第三十八条第一款船舶抵押合同变更时，抵押权人和抵押人应当持船舶所有权登记证书、船舶抵押权登记证书和船舶抵押合同变更的证明文件，到船籍港船舶登记机关办理有关变更登记。
