处理借款合同纠纷的方式有,由当事人自行协商处理;由第三方组织调解;由贷款人依法向人民法院提起民事诉讼,由法院调解或者做出判决;或者向人民法院申请支付令。法律依据:《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十条起诉应当向人民法院递交起诉状,并按照被告人数提出副本。书写起诉状确有困难的,可以口头起诉,由人民法院记入笔录,并告知对方当事人。第一百二十二条当事人起诉到人民法院的民事纠纷,适宜调解的,先行调解,但当事人拒绝调解的除外。第二百一十四条债权人请求债务人给付金钱、有价证券,符合下列条件的,可以向有管辖权的基层人民法院申请支付令:(一)债权人与债务人没有其他债务纠纷的;(二)支付令能够送达债务人的。申请书应当写明请求给付金钱或者有价证券的数量和所根据的事实、证据。