新车在第二年申请免检标志不需要上线检测。可以等到六年后再进行上线检测。根据《机动车登记规定》的规定,新车在注册登记后的六年内,可以享受免检政策。在免检期间,每两年需要向交通管理部门申请检验标志,但不需要将车辆送至检测机构进行上线检测。因此,您的新车在第二年申请免检标志时,不需要进行上线检测。您可以等到六年免检期满后,再将车辆送至检测机构进行上线检测。如果车辆发生交通事故并造成人员伤亡,或者因非法改装被依法处罚,那么车辆将不再享受免检政策,需要每年进行上线检测。请注意,免检政策只适用于七座以下非营运小微型客车。如果您的车辆类型不符合该规定,那么需要按照相关规定进行上线检测。当您的车辆出现严重损坏或故障,或者交通事故造成人员伤亡时,表明问题比较严重,应及时寻求专业人士的帮助和解决问题。