当事人就著作权进行软件登记申请的方式为提交软件著作权登记申请表、软件的鉴别材料以及相关的证明文件,然后登记机构受理申请,再审查。撤回方式是及时提出书面的撤回申请或口头提出,再填写相关的撤回表格。法律依据:《作品自愿登记试行办法》第三条各省、自治区、直辖市版权局负责本辖区的作者或其他著作权人的作品登记工作。国家版权局负责外国以及台湾、香港和澳门地区的作者和其他著作权人的作品登记工作。第五条属于下列情况之一的作品,作品登记机关不予登记:1、不受著作权法保护的作品;2、超过著作权保护期的作品;3、依法禁止出版、传播的作品。第六条有下列情况的,作品登记机关应撤销其登记:1、登记后发现有本办法第五条所规定的情况的;2、登记后发现与事实不相符的;3、申请人申请撤销原作品登记的;4、登记后发现是重复登记的。