货物运输合同纠纷的原因分别会有下列情形:运输货物的单证纠纷;运输货物损失、灭失的纠纷;运输货物延迟交付纠纷;运输货物运杂费纠纷;运输工具损害纠纷;法律规定或当事人约定的其他内容的纠纷。法律依据:《民法典》第四百七十条合同的内容由当事人约定,一般包括下列条款:(一)当事人的姓名或者名称和住所;(二)标的;(三)数量;(四)质量;(五)价款或者报酬;(六)履行期限、地点和方式;(七)违约责任;(八)解决争议的方法。当事人可以参照各类合同的示范文本订立合同。第八百零九条运输合同是承运人将旅客或者货物从起运地点运输到约定地点,旅客、托运人或者收货人支付票款或者运输费用的合同。