施工合同超期的处理方式是:如果双方在合同中对延期履行有约定或事后对延期履行协商一致的,就按照约定或协商的内容处理;没有约定事后也没有达成协议的,超期属于违约情形,可以要求未履行合同的一方承担继续履行、采取补救措施、赔偿损失的违约责任。法律依据:《民法典》第五百七十七条当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的,应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。第五百八十四条当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定,造成对方损失的,损失赔偿额应当相当于因违约所造成的损失,包括合同履行后可以获得的利益;但是,不得超过违约一方订立合同时预见到或者应当预见到的因违约可能造成的损失。