工程合同中的纠纷有:勘察、设计、施工、监理合同纠纷;工程合同的效力纠纷;合同无效结算纠纷;黑白合同纠纷;工程款结算采取何种标准纠纷;造价司法鉴定范围纠纷;工程质量、工期、农民工利益纠纷。法律依据:《民法典》第七百八十八条
建设工程合同是承包人进行工程建设,发包人支付价款的合同。
建设工程合同包括工程勘察、设计、施工合同。
第七百九十四条
勘察、设计合同的内容一般包括提交有关基础资料和概预算等文件的期限、质量要求、费用以及其他协作条件等条款。
第七百九十五条
施工合同的内容一般包括工程范围、建设工期、中间交工工程的开工和竣工时间、工程质量、工程造价、技术资料交付时间、材料和设备供应责任、拨款和结算、竣工验收、质量保修范围和质量保证期、相互协作等条款。
第七百九十六条
建设工程实行监理的,发包人应当与监理人采用书面形式订立委托监理合同。发包人与监理人的权利和义务以及法律责任,应当依照本编委托合同以及其他有关法律、行政法规的规定。