犯罪嫌疑人在检察院认罪认罚仍然还是会被起诉,除非存在法定的不起诉事由。比如:情节显著轻微、危害不大,不认为是犯罪的。需要注意的是,犯罪嫌疑人自愿如实供述自己的罪行,对犯罪事实没有异议,自愿在辩护人或者值班律师的见证下签署具结书的,对符合刑罚裁量条件的适格犯罪嫌疑人,可以作出酌定不起诉处理。《刑事诉讼法》第十六条法律依据:《刑事诉讼法》第十六条《刑事诉讼法》第十六条有下列情形之一的,不追究刑事责任,已经追究的,应当撤销案件,或者不起诉,或者终止审理,或者宣告无罪:(一)情节显著轻微、危害不大,不认为是犯罪的;(二)犯罪已过追诉时效期限的;(三)经特赦令免除刑罚的;(四)依照刑法告诉才处理的犯罪,没有告诉或者撤回告诉的;(五)犯罪嫌疑人、被告人死亡的;(六)其他法律规定免予追究刑事责任的。