针对不同情况,教师可采取不同方式处理学校扣发工资的问题。首先,若扣发工资无明确依据或程序不当,教师可先与学校管理层进行沟通,要求说明扣发原因并提供证据,尝试通过协商解决问题。其次,若沟通无果,教师可向当地教育行政部门提交书面投诉,详细阐述情况并附上相关证据,请求教育行政部门介入调查并协调解决。最后,若上述途径均无法解决问题,教师可准备充分的证据材料,包括但不限于劳动合同、工资单、扣发工资通知等,向劳动仲裁机构提起劳动仲裁,或直接向法院提起诉讼,要求学校恢复工资并赔偿损失。在整个过程中,教师应注意保留好所有相关证据,以便在必要时维护自身权益。