水库被政府承包后收费是否合法，需要视具体情况而定。根据相关规定，国家所有的水库只要适于水产养殖，均可向全民所有制单位、集体所有制单位和个人承包，用于发展养殖业，但必须经过县级人民政府、县级人民政府的渔业行政主管部门或县级人民政府指定的水库管理部门审批，方可进行承包。如果承包程序合法合规，并且在承包合同中有关于收费的明确约定，同时收费的目的和用途也是合理的，例如用于水库的管理、维护等，那么这种收费可能是合法的。然而，如果没有经过合法的审批程序擅自承包水库，或者收费没有合理依据、用途不明确，或者违反了相关的法律法规和政策，那么这种收费就是不合法的。另外，如果水库具有灌溉、供水等特定功能，在承包经营过程中也应当保障这些功能的正常实现，不能因收费而损害公众的利益。如果对某个水库承包后的收费行为存在疑问，可以先了解该水库的性质（国有、集体所有等）、承包的具体情况以及当地相关的政策规定。也可以向当地政府部门、水利部门或相关管理机构进行咨询和反映，以确定其收费行为是否合法合规。
