即使乙方不清楚该合同存在,未签署该文件,且不承认与甲方的合同关系,但若合同已经实际履行且乙方已从中受益,那么在法律上可能会认为乙方默示接受了甲方的履行,从而认定合同是有效的。然而,这个结论可能会受到一些因素的影响,例如乙方是否真的不知情、甲方的履行是否构成胁迫或者欺诈等。如果甲方是以胁迫或欺诈手段使乙方接受了履行,那么乙方是有权请求法院撤销该合同的。另外,根据《中华人民共和国民法典》规定,当事人订立、履行合同,应当遵守法律、行政法规,尊重社会公德,不得扰乱社会经济秩序,损害社会公共利益。如果甲乙双方的合同违反了这一规定,那么该合同也可能是无效的。以上内容仅供参考,涉及到具体情况的建议寻求专业律师的帮助。