健康保险合同纠纷要按照下列方式处理：1、双方可以在自愿平等的基础上就合同纠纷进行协商达成和解；2、若协商和解不成，在双方达成仲裁协议后可向仲裁机关提起仲裁；3、如果没有达成仲裁协议或仲裁协议无效，当事人也可向法院提出诉讼。《民法典》第一百七十六条民事主体依照法律规定或者按照当事人约定，履行民事义务，承担民事责任。第一百八十六条因当事人一方的违约行为，损害对方人身权益、财产权益的，受损害方有权选择请求其承担违约责任或者侵权责任。第一百八十八条向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。法律依据：《民法典》第一百七十六条民事主体依照法律规定或者按照当事人约定，履行民事义务，承担民事责任。第一百八十六条因当事人一方的违约行为，损害对方人身权益、财产权益的，受损害方有权选择请求其承担违约责任或者侵权责任。第一百八十八条向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。《民法典》第一百七十六条民事主体依照法律规定或者按照当事人约定，履行民事义务，承担民事责任。第一百八十六条因当事人一方的违约行为，损害对方人身权益、财产权益的，受损害方有权选择请求其承担违约责任或者侵权责任。第一百八十八条向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
