工程农民工专户代发工资的情况下,需要依法扣缴个人所得税。根据《个人所得税法》,工资、薪金所得是需要缴纳个人所得税的。在工程建设领域中,施工企业代分包单位支付农民工工资时,分包单位根据考核情况编制工资支付表,并对个税进行扣缴和申报,而施工企业只需按工资表中的实发工资数额代付农民工工资。这意味着最终由分包单位负责从农民工的工资中扣除相应的个税并上缴国家。具体到农民工工资的纳税管理,通常有以下几种情形:全员全额征收:在某些省份对于工程项目中的农民工,实行全员全额申报个税的政策。这适用于项目所在地税务主管部门没有对异地施工的建筑企业或劳务公司按比例核定征收个税的情况。这种情况下,每位农民工的全部工资收入都应计入税款的计算基础内。分包单位责任:分包单位是决定工资支付对象和数额的单位,因此也是扣缴义务人,负责扣缴和申报农民工工资的个税。此外,建设单位需向总承包单位提供人工费用,并且约定了人工费用的拨付周期,通常不超过一个月。总承包单位收取这些费用后,会按规定开具增值税专用发票或带税率的普通发票,并在代发工资时扣除相应的税费。总的来说,虽然农民工工资是由总承包单位通过专用账户直接发放给农民工本人,但个税的扣缴责任在于分包单位。需要注意的是,各地的具体操作可能会有所不同,建议咨询当地税务机关或专业税务人员以获取最准确的信息。