针对您提出的问题，关于初中入团但高中未转团且初中申请书丢失后是否还保留有团籍，我们可以从以下几个方面进行分析：一、团籍的保留与转移团籍的保留：通常情况下，团籍是随着学生的升学或工作变动而转移的。如果初中时已经是团员，那么团籍档案应该随个人档案一同转移。但实际情况中，如果未及时进行团关系转移，团籍档案可能会滞留在原学校。团籍的转移：按照团组织的规定，学生升学或工作变动时，应及时将团关系转移到新的学校或单位。如果未进行转移，可能会影响到团籍的连续性和有效性。二、申请书丢失的影响申请书的重要性：入团申请书是团员身份的重要证明材料之一，但它并不是团籍的唯一证明。团籍的保留和转移主要依赖于团籍档案，而非单一的申请书。丢失后的处理：如果申请书丢失，可以向原初中学校团组织咨询并尝试找回。但即使找不到申请书，只要团籍档案还在，且能够证明自己的团员身份，通常不会影响到团籍的保留。三、当前情况的判断团籍的连续性：由于您提到高中时未将团关系转入高中，那么团籍档案可能仍然保留在初中学校。但这并不意味着您已经自动脱团，因为脱团通常需要经过一定的程序和决定。是否需要重新入团：根据《中国共产主义青年团章程》的相关规定，如果团员没有正当理由，连续六个月不缴纳团费、不过团的组织生活，或连续六个月不做团组织分配的工作，均被认为是自行脱团。但在这个案例中，由于您并未明确表示是否连续六个月未参与团组织活动或缴纳团费，因此不能直接判断您已经脱团。建议行动：为了明确自己的团员身份和团籍情况，建议您首先联系原初中学校的团组织，查询自己的团籍档案是否还在。如果档案仍在且完整，那么您仍然是团员。如果档案已丢失或不完整，您可能需要按照学校或团组织的要求进行补办或重新入团手续。综上所述，虽然您丢失了初中的入团申请书，但只要团籍档案还在且能够证明自己的团员身份，您通常仍然保留有团籍。但为了确保准确性和避免不必要的麻烦，建议您及时联系原初中学校的团组织进行查询和处理。
