工伤被鉴定为9级,应当由工厂还是社保基金赔偿需要根据赔偿的内容来确定,治疗工伤期间的工资福利和终止或者解除劳动合同时应当享受的一次性伤残就业补助金由工厂进行赔偿,其余项目由社会保险基金进行赔偿。《社会保险法》第三十九条规定,因工伤发生的下列费用,按照国家规定由用人单位支付:(一)治疗工伤期间的工资福利;(二)五级、六级伤残职工按月领取的伤残津贴;(三)终止或者解除劳动合同时,应当享受的一次性伤残就业补助金。法律依据:《社会保险法》第三十九条因工伤发生的下列费用,按照国家规定由用人单位支付:(一)治疗工伤期间的工资福利;(二)五级、六级伤残职工按月领取的伤残津贴;(三)终止或者解除劳动合同时,应当享受的一次性伤残就业补助金。