房产抵押在担保公司的风险有:抵押房产评估价格的风险、房产处置执行难的风险、共有财产抵押的风险、抵押登记权的风险、土地性质引发的风险、土地用途变更的风险、在建工程抵押的风险、以单位房改房设定抵押以及租赁权对抗抵押权的风险。法律依据:2021生效的《民法典》第四百一十三条抵押财产折价或者拍卖、变卖后,其价款超过债权数额的部分归抵押人所有,不足部分由债务人清偿。2021生效的《民法典》第四百一十四条同一财产向两个以上债权人抵押的,拍卖、变卖抵押财产所得的价款依照下列规定清偿:(一)抵押权已经登记的,按照登记的时间先后确定清偿顺序;(二)抵押权已经登记的先于未登记的受偿;(三)抵押权未登记的,按照债权比例清偿。其他可以登记的担保物权,清偿顺序参照适用前款规定。