公司名称纠纷的处理方式:当事人可以向工商行政管理机关申请处理,也可以向人民法院起诉。且请求工商行政管理机关处理名称争议时,应当提交申请书、申请人的资格证明、举证材料等文件。法律依据:《业名称登记管理实施办法》第四十一条已经登记注册的企业名称,在使用中对公众造成欺骗或者误解的,或者损害他人合法权益的,应当认定为不适宜的企业名称予以纠正。第四十二条企业因名称与他人发生争议,可以向工商行政管理机关申请处理,也可以向人民法院起诉。第四十三条企业请求工商行政管理机关处理名称争议时,应当向核准他人名称的工商行政管理机关提交以下材料:(一)申请书;(二)申请人的资格证明;(三)举证材料;(四)其他有关材料。申请书应当由申请人签署并载明申请人和被申请人的情况、名称争议事实及理由、请求事项等内容。委托代理的,还应当提交委托书和被委托人资格证明。