债权人同时以主合同和担保合同合并提起诉讼，主合同或者担保合同有协议管辖条款的如何认定，主要包括以下几种情形：(1)仅主合同有协议管辖条款，但选择管辖法院与从合同的法定管辖法院不一致；(2)仅担保合同有协议管辖条款，但选择管辖法院与主合同的法定管辖法院不一致；(3)主合同和担保合同均有协议管辖条款，但选择管辖法院不一致。

主合同中的协议管辖条款可拓展到从合同，已为我国及其他国家和地区的诉讼实践所认可。担保合同是以主合同为基础订立的，具有从属性，且订立目的是为了保障主合同的履行。由于通常主合同先于或者同时于担保合同订立，担保人在签订担保合同前应当知晓主合同的内容，对纠纷协议管辖法院应有合理预期。因此，根据主合同协议管辖条款确定案件管辖法院，一般不会构成对担保人的“管辖突袭。”

有协议管辖条款的担保，其实就是附条件的担保。因此，在主合同没有协议管辖条款而担保合同有协议管辖条款的情形，如法院强行合并审理担保合同纠纷，改变协议管辖法院，则可能损害担保人的管辖利益，违背其提供担保的真实意愿。此时如由担保合同协议管辖法院合并审理，则有可能对债务人的“管辖突袭”，因为担保合同往往后于主合同订立，债务人可能事先不知道担保合同的内容。

在主合同和担保合同均有协议管辖条款，但选择管辖法院不一致的情形，则构成所谓协议管辖的冲突。对此，《担保法司法解释》129条第2款规定：“主合同和担保合同选择管辖的法院不一致的，应当根据主合同确定案件管辖，”这个规定虽然明确．方便执行，但从法理来讲，不合管辖协议的效力不及于第三人的一般原理，损害了担保人的管辖利益，并无公平可言。对此我国台湾地区学者指出：“一般言之，如欠缺拘束第三人之根基，即不及于第三人，如债权人与主债务人之合意，不得拘束立于保证契约上地位之保证人。”为平衡债权人、主债务人和担保人三方的管辖利益，采取由不同法院分别审理的做法，较为妥当。对债权人而言，其分别与债务人、担保人签订不同的管辖协议，即表明其有接受不同法院分开审理的心理准备，分别审理并不加重其预期的诉讼负担。采取分开审理的办法，还能避免出现债权人在担保合同中乱签管辖协议而不受拘束的情况出现；对担保人而言，对担保合同分开审理，满足了其提供担保的附加条件，保护了其预期的诉讼利益；对债务人而言无论是合审理还是分开审理，均不损害其诉讼利益