我公司是一家IT软件公司，现为甲方合作公司开发业务系统，协议原定著作版权归甲方所有。现双方在此基础上有进一步扩大合作的愿望，但此合作涉及著作版权要改为双方共同署名才可继续，问题：1、合作署名后，会有可能出现哪些主要的问题？2、要如合作署名，如何避免法律才好？谢谢！

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