根据公安机关指控的事实：村会计从街道办事处领到5万元村集体款项，交给村主任即犯罪嫌疑人吴某，让吴某转交给村出纳，而吴某没有将该笔款项交给村出纳。

据了解，事实是该笔款项犯罪嫌疑人吴某已交给村出纳。

辩护意见：吴某的行为与职务无关，只涉及民事委托代理关系，可由民法通则第66条第2款救济。

辩护人认为，即使现有的侦查证据属实，吴某的行为也与职务无关。理由为：吴某既不是出纳、会计，也不是直接领款人，而是委托转交属于村民委员会的财产。他涉及的法律关系为民事委托代理关系，其救济途径可适用民法通则第66条第2款之规定。如吴某的行为是代为保管行为，可适用刑法第270条之规定，在拒不归还的情况下通过自诉追究普通侵占罪的刑事责任。

检察院最后采纳了辩护人的意见，决定对犯罪嫌疑人吴某不起诉。