申请办理停薪留职的办法:职工本人提出书面申请,经单位行政领导批准后签订“停薪留职”的协议书,并报企业主管部门和当地劳动人事部门备案。如果职工要求从事个体经营的,必须凭该协议书到当地工商行政管理部门办理登记手续。法律依据:《劳动人事部、国家经济委员会、国家工商行政管理局关于企业职工要求停薪留职问题的通知的补充通知》第四条“停薪留职”人员在从事其他有收入的劳动时,原则上应按月向原单位缴纳劳动保险基金,其数额一般不低于本人原标准工资的百分之二十。“停薪留职”期间计算工龄。第五条职工要求“停薪留职”,由本人提出书面申请,经单位行政领导批准后签订“停薪留职”的协议书,并报企业主管部门和当地劳动人事部门备案。要求从事个体经营的“停薪留职”人员,必须凭“停薪留职”协议书到当地工商行政管理部门办理登记手续。