公司不发工资,保密协议有效。根据《劳动合同法》第二十三条、第二十四条规定,用人单位可以与高级管理人员、高级技术人员和其它负有保密义务的人员,在劳动合同或者保密协议中约定保密事项,并约定在解除或者终止劳动合同后,在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的,应当按照约定向用人单位支付违约金。保密协议与公司工资支付是不同的法律关系,公司拖欠工资的,劳动者可以通过法律途径追讨,但应当遵守保密协议的约定,违约的将承担相应的法律责任。用人单位拖欠工资,可以按以下三种途径追索工资。一、有欠条的,可以直接向人民法院申请支付令。二、向劳动监察投诉,由劳动监察责令限期支付;限期内不支付的,责令按拖欠额度50100%支付赔偿金。